Końcowym produktem powstającym w czasie β-oksydacji są cząsteczki acetylo-CoA, które mogą być włączane do cyklu Krebsa, będącego jednym z etapów oddychania komórkowego.
Podczas β-oksydacji powstają również duże ilości NADH i FADH2, które mogą być wykorzystane podczas utleniania na łańcuchu oddechowym.