Pompy protonowe aktywnie transportują jony H+ z komórek włośnikowych do gleby. Powoduje to powstanie gradientu elektrochemicznego wykorzystywanego do transportu jonów mineralnych do komórki.
Usuwanie dodatnio naładowanych protonów sprawia, że wnętrze komórki staje się bardziej ujemne, co ułatwia napływ kationów. Gradient protonowy może być również wykorzystywany przez kotransportery do pobierania anionów, np. azotanów.