Przyczyny powstawania zjawiska El Niño to:
● osłabienie pasatów i zwiększenie siły wiatrów zachodnich, które doprowadzają wodę z zachodniej części Pacyfiku;
● dopływ do zachodnich wybrzeży Ameryki Południowej ciepłych mas wody z Azji Południowo-Wschodniej i zachodniej Australii;
● zahamowanie zjawiska upwellingu – unoszenia się pionowo ku powierzchni Oceanu Spokojnego chłodnych wód głębinowych.
Skutkami El Niño są:
● zahamowanie upwellingu – zatrzymanie procesu dostarczania chłodnej, bogatej w substancje odżywcze wody do płytszych warstw oceanu – brak pożywienia dla ryb i planktonu;
● zmniejszenie populacji ptaków żywiących się rybami – w wyniku braku pożywienia;
● intensywne opady spowodowane podniesieniem się temperatury w zachodniej części Ameryki Południowej, powodzie i osunięcia ziemi;
● szybsze topnienie lodowców w Andach z uwagi na wzrost temperatury;
● susze i pożary w Azji Południowo-Wschodniej i zachodniej Australii;
● zaburzenia cyrkulacji monsunowej w Indiach – opóźnienie monsunu i spowodowane tym susze;
● silne huragany w zachodniej części Oceanu Spokojnego;
● zwiększenie siły wiatru i zimowe burze w Kalifornii.
Zjawisko El Niño ma silny wpływ na wiele obszarów na Ziemi, nie tylko na położone w bezpośrednim sąsiedztwie zachodnie wybrzeże Ameryki Południowej. To przykład na to, jak wiele procesów i zjawisk jest ze sobą globalnie powiązanych – wzrost temperatury na stosunkowo niewielkim terenie powoduje zmiany na terenach położonych tysiące kilometrów dalej.