Do czasu śmierci Stalina, a więc przez cały okres stalinowskiego terroru, prześladowania oraz brutalność władz względem Kościoła i duchownych były na porządku dziennym. W 1950 roku funkcjonował Urząd do spraw Wyznań, którego głównym celem było kontrolowanie instytucji Kościoła, innych kościołów oraz związków wyznaniowych z Polski. W latach 1957-1969 działało, stworzone przez władze, Stowarzyszenie Ateistów i Wolnomyślicieli, odpowiadające za laicyzację społeczeństwa. W 1957 roku powołano Towarzystwo Szkoły Świeckiej, które postulowało zakładanie szkół bez nauczania religii. W latach 60. doszło do tzw. „konfrontacji milenijnej”, podczas której rząd aktywnie rywalizował z Kościołem, organizując własne, państwowe święto z okazji tysiąca lat państwa polskiego. Z owej konfrontacji jednak to Kościół wyszedł zwycięsko.
Według ideologii komunistycznych jakakolwiek forma bytu wyższego (boga) nie istniała. Komuniści szerzyli ateizm na podległych terenach, starając się wyplenić religię z umysłów i życia społeczeństwa.