Wojnę trzynastoletnią wywołało poparcie Związku Pruskiego przez Królestwo Polskie. Związek sprzeciwiał się Zakonowi Krzyżackiemu, który pełnił zwierzchnictwo nad Pomorzem, ale nie inwestował w jego rozwój, a wykorzystywał miasta i szlachtę do finansowania swoich wojen.
Pomorze było jedną z krain geograficznych o największym potencjale rozwojowym: drogi wodne i port w Gdańsku, a także wzrost popytu na polskie zboże na Zachodzie sugerowały, że mieszkańcy powinni się wzbogacać. Było jednak odwrotnie: zakon nakładał na miasta duże ograniczenia i hamował rozwój handlu wysokimi cłami (tzw. bariera celna), co zniechęciło handlarzy do wykorzystywania drogi przez Pomorze do transportu towaru. Słaba sytuacja gospodarcza połączona z polityką zakonu (sprowadzanie niemieckich arystokratów i osadzanie na wysokich pozycjach w zakonie, konflikty, które obciążały finansowo miasta) doprowadziły do wybuchu buntu, który wykorzystał władca Polski.