Hydrofobowe fragmenty białek błonowych umożliwiają zakotwiczenie tych białek w błonie komórkowej, której wnętrze jest hydrofobowe.
Błona komórkowa zbudowana jest z dwuwarstwy fosfolipidowej. Fosfolipidy ustawione są w niej hydrofilowymi głowami na zewnątrz i hydrofobowymi ogonami do wnętrza błony. Białka integralne, czyli takie, które przechodzą przez błonę komórkową, muszę posiadać część hydrofobową, za pomocą której, będą zakotwiczone w błonie.