Białka histonowe pełnią funkcję rdzenia, na który nawija się DNA, dzięki czemu staje się ono bardziej upakowane i zmniejsza swoją objętość w jądrze komórkowym.
DNA wraz z histonami tworzą struktury zwane nukleosomami.
Dodatkowo białka histonowe odgrywają kluczową rolę w regulacji dostępności chromatyny. Modyfikacje chemiczne białek histonowych, takie jak acetylacja, metylacja, fosforylacja i inne, wpływają na otwarcie lub zamknięcie struktury chromatyny, co przyczynia się do regulacji ekspresji genów.