Podobieństwa:
· posiadają błonę komórkową
· posiadają rybosomy.
Różnice:
· komórki eukariotyczne posiadają jądro komórkowe, natomiast materiały genetyczny prokariontów jest luźno zawieszony w komórce
· komórki eukariotyczne posiadają wyspecjalizowane organella- mitochondria, w których zachodzi oddychanie komórkowe, natomiast w komórkach prokariotycznych proces ten zachodzi we wpukleniach błony komórkowej (brak mitochondriów)
Choć rybosomy występują zarówno w komórkach prokariotycznych jak i eukariotycznych, to różnią się one budową. U prokariontów występują mniejsze rybosomy – 70S, natomiast u eukarionów większe – 80S.