Poziomy, na których dochodzi do kontroli ekspresji u eukariontów, to:
1. stopień upakowania chromatyny
2. transkrypcja
3. modyfikacje potranskrypcyjne
4. transport mRNA do cytoplazmy
5. translacja
6. modyfikacje potranslacyjne
W każdym z 6 wymienionych procesów bierze udział szereg enzymów, które mogą być aktywowane i dezaktywowane (np. na skutek fosforylacji i defosforylacji lub metylacji i demetylacji).
Aktywność jednych enzymów przy jednoczesnej zmniejszonej aktywności innych może wpływać np. na stopień upakowania chromatyny lub szybkość syntezy mRNA, co będzie miało wpływ na ekspresję genów.