Kościół katolicki na początku epoki nowożytnej borykał się z wieloma problemami. Duchowni kierowali się w dużej mierze prywatnym zyskiem. Popularnym zjawiskiem była symonia (forma korupcji, polegająca na sprzedaży godności kościelnych) czy nepotyzm. Organizowano odpusty, podczas których za opłatą pieniężną można było uzyskać odpuszczenie grzechów.
Kościół w XVI wiek wchodził jako instytucja borykająca się z licznymi problemami.