Krzyżacy nie zapuszczali się w głąb terytorium pogańskiego, a trzymali się brzegów Wisły, natomiast po zdobyciu danego terytorium od razu przystępowali do budowy na jego terenie nowych zamków. W ten sposób rycerze powoli anektowali kolejne obszary Prus.
Ekspansja krzyżacka napotkała silny opór, że strony pogańskich Bałtów. Znane jest przede wszystkim tzw. wielkie powstanie z poł. XIII w. Dowodził nim wódz NatangówHerkus Monte.