Skutkami potopu szwedzkiego było ogromne zniszczenia kraju spowodowane walkami. Wiele miast, zamków i pałaców zostało zrujnowanych z powodu oblężeń i blokad (m.in. Gdańska). Kraj został wyludniony, co doprowadziło do kryzysu ekonomicznego i osłabienia handlu.
Ponadto potwierdzono szwedzkie prawa do Inflant, król Polski, Jan Kazimierz, był zmuszony do zrzeczenia się pretensji do szwedzkiego tronu.
Potop szwedzki skutkował wyniszczeniem kraju. Najbardziej druzgocące było spustoszenie wielu pałaców i zamków, np. zamku Krzyżtopór – w przeszłości niezwykle bogatego i okazałego.