Zostali zmuszeni do ciężkiej pracy w kopalniach złota i srebra oraz na plantacjach kukurydzy, trzciny cukrowej i bawełny – nie byli do niej przystosowani. Konkwistadorzy traktowali tubylców jako gorszych od siebie. Ich nadużycia w połączeniu z brakiem odporności Indian na przeniesione z Europy choroby zakaźne doprowadził do śmierci wielu rdzennych mieszkańców.
Hiszpanie doprowadzili do masowej śmierci Indian, których populacja zmniejszyła się w ciągu pierwszej polowy XVI wiek od 50 do nawet 90 procent.