System wolnej elekcji niósł ze sobą ryzyko długiego bezkrólewia, ponieważ szlachta musiała wybrać króla jednomyślnie. Wiązało się to również z dużym przekupstwem i angażowaniem się państw zewnętrznych w politykę kraju, które chętnie dawały łapówki szlachcicom, by głosowali na kandydatów reprezentujących ich interesy.
Wady wolnej elekcji były szczególnie widoczne w późniejszy wiekach funkcjonowania tego systemu. Bezkrólewie to okres pomiędzy śmiercią aktualnego władcy a wyborem następnego, podczas którego władza przechodziła na ręce prymasa Polski.