Konfederacja warszawska miała kluczowe znaczenie dla wyznawców różnych religii chrześcijańskiej, ponieważ stała się podstawą zasady tolerancji religijnej w Polsce. Wykluczała możliwość wojen religijnych w państwie oraz gwarantowała różnym wyznawcom te same prawa i obowiązki.
Konfederacja warszawska wprowadzała zasadę wieczystego pokoju pomiędzy wyznaniami chrześcijańskimi oraz zagwarantowała niezmienność przywilejów religijnych. Stąd też jej duże znaczenie. Dzięki niej uniknięto wojen religijnych jak we Francji czy Szwajcarii.