W fazie S zachodzi replikacja DNA. HPV wykorzystuje aktywny w tej fazie aparat replikacyjny komórki gospodarza do powielania własnego DNA.
Faza S jest etapem cyklu komórkowego, podczas którego komórka kopiuje swój materiał genetyczny. HPV jest wirusem DNA i wykorzystuje mechanizmy komórki gospodarza do namnażania własnego genomu. Dlatego pobudzenie komórki do wejścia w fazę S ułatwia wirusowi replikację.