Podczas koniugacji dwie komórki bakterii nawiązują bezpośredni kontakt. Bakteria dawca przekazuje biorcy fragment materiału genetycznego, najczęściej DNA plazmidowego. Skutkiem koniugacji jest zwiększenie różnorodności genetycznej bakterii i uzyskanie przez biorcę nowych genów.
Koniugacja jest przykładem poziomego transferu genów. Nie prowadzi bezpośrednio do zwiększenia liczby bakterii, dlatego nie jest sposobem rozmnażania. Pozwala natomiast na wymianę informacji genetycznej, np. genów warunkujących oporność na antybiotyki.