Bakterie mogą być:
· autotroficzne – fotoautotroficzne lub chemoautotroficzne,
· heterotroficzne – saprotroficzne, pasożytnicze lub symbiotyczne.
Bakterie autotroficzne same wytwarzają związki organiczne ze związków nieorganicznych. Fotoautotrofy wykorzystują do tego energię świetlną, a chemoautotrofy energię uzyskaną podczas utleniania związków nieorganicznych.
Bakterie heterotroficzne pobierają gotowe związki organiczne. Saprotrofy korzystają z martwej materii organicznej, pasożyty z organizmu gospodarza, a bakterie symbiotyczne żyją w związku korzystnym również dla drugiego organizmu.