W węzłach chłonnych dochodzi do oczyszczenia limfy z patogenów, czyli czynników chorobotwórczych. Następnie oczyszczona limfa trafia do dwóch dużych naczyń limfatycznych, z których transportowana jest do żył podobojczykowych układu krwionośnego.
W trakcie infekcji często dochodzi do powiększenia węzłów chłonnych oraz ich bolesności. Jest to spowodowane nagromadzeniem drobnoustrojów oraz dużą liczbą limfocytów.