Enzymy niebiałkowe to takie, które są przeznaczone do katalizowania innych oraz mniejszej ilości rodzajów reakcji. Przykładem są rybozymy.
Enzymy niebiałkowe są stosunkowo rzadko spotykane w porównaniu z enzymami białkowymi. Należą do nich:
1. rybozymy – posiadają zdolność do przyspieszania reakcji chemicznych, (cięcie i łączenie wiązań fosfodiestrowych i innych cząsteczkach RNA), pełnią kluczową rolę w syntezie białek w organizmach żywych,
2. ribonukleazy – są zdolne do rozkładu kwasów nukleinowych (np. RNA)
3. deoksyrybozymy – potrafią przyspieszać reakcje chemiczne (cięcie i łączenie wiązań fosfodiestrowych w cząsteczkach DNA).