Przestrzenny kształt centrum aktywnego enzymu wpływa na to, jaki substrat się do niego przyłączy. Dzięki temu enzym jest swoisty do danego typu reakcji i będzie on reagował z określonym, dla niej substratem.
Zwróć uwagę, że kształt centrum aktywnego, jest podobny i pasujący do kształtu substratu, co oznacza, że będzie on się wiązał z tym danym substratem. Jest to charakterystyczne dla danej reakcji enzymatycznej.