Niskie pH wewnątrz lizosomu jest utrzymywane przy pomocy pompy protonowej, która na zasadzie transportu aktywnego wpompowuje jony H+ do wnętrza lizosomu.
Komórka zabezpiecza się przed strawieniem przez enzymy trawienne obecne wewnątrz lizosomów, dzięki temu, że najlepiej działają one w kwaśnym środowisku, natomiast cytozol ma odczyn obojętny. Dlatego też, nawet jeśli przedostaną się z lizosomu do cytozolu, będą one nieaktywne i nie dojdzie do samostrawienia komórki.