Selektywność błon biologicznych polega na regulacji przepływu cząsteczek. Oznacza to, że mogą przez nie z łatwością przechodzić: woda, O2, CO2, N2, etanol a z trudem dyfunduje np. glicerol. Natomiast transport jonów i dużych cząsteczek polarnych bez ładunku jak glukoza, nukleotydy czy aminokwasy nie jest możliwy, dwuwarstwa lipidowa jest dla nich nieprzepuszczalna. Aby było to możliwe, potrzebna jest obecność białek błonowych.
W niektórych komórkach konieczny jest szybki transport wody przez błony jak np. w komórkach kanalików zbiorczych nerek. Wymaga to uczestnictwa białek zwanych akwaporynami.