Komórka zabezpiecza się przed strawieniem przez enzymy trawienne obecne wewnątrz lizosomów, dzięki temu, że najlepiej działają one w kwaśnym środowisku, natomiast cytozol ma odczyn obojętny. Dlatego też, nawet jeśli przedostaną się z lizosomu do cytozolu, będą one nieaktywne i nie dojdzie do samostrawienia komórki.
Strawione w lizosomach substancje mogą być transportowane do cytozolu, gdzie ponownie zostaną wykorzystane przez komórkę do nowych reakcji syntezy lub usuwane poza nią.