Różnica między zapłodnieniem zewnętrznym a wewnętrznym polega na miejscu i sposobie połączenia plemników i jaj.
Zapłodnienie zewnętrzne to proces, w którym plemniki i jaja łączą się poza ciałem rodziców. Natomiast zapłodnienie wewnętrzne zachodzi bezpośrednio w drogach rodnych samicy lub w przypadku obojnaków, partnera płciowego.
Ø Zapłodnienie zewnętrzne występuje u organizmów wodnych, gdzie plemniki i jaja łączą się poza ciałem rodzicielskim, np. u ryb i niektórych płazów.
Ø Zapłodnienie wewnętrzne zachodzi wewnątrz organizmu samicy, umożliwiając precyzyjne spotkanie plemników z jajem, jest charakterystyczne dla większości ssaków, ptaków, gadów i niektórych ryb. Organizmy obojnacze mogą wykorzystywać zarówno samozapłodnienie, jak i zapłodnienie krzyżowe, w zależności od warunków i dostępności partnerów płciowych.