Po krótkiej odwilży szybko zakończyła się pojednawcza polityka wobec kościoła. Władza znowu utrudniała odprawianie praktyk religijnych. Konflikty te nałożyły się na przygotowanie do obchodów tysięczną rocznicę przyjęcia chrztu przez Mieszka I. Zarówno władze, jak i Kościół przygotowywały swoje uroczystości – komuniści zorganizowali jubileusz Tysiąclecia Państwa Polskiego (pomijając aspekt religijny), a Kościół – obchody milenium chrztu Polski.
W 1965 roku biskupi polscy wystosowali list do biskupów niemieckich. Zakończyli go wezwaniem: udzielamy przebaczenia i prosimy o przebaczenie. Rządzący wtedy Władysław Gomułka wykorzystał antyniemieckie nastroje tragiczne doświadczenia, oskarżając Stefana Wyszyńskiego zdradę interesów narodowych.
Władze centralne nie zgodziły się także na przyjazd do Polski po papieża Pawła VI, a krążący po Polsce obraz Matki Boskiej Częstochowskiej został zatrzymany przez funkcjonariuszy SB.
Warto zauważyć, że polityka wobec Kościoła w tym okresie była częścią szerszej strategii władz PRL mającej na celu umocnienie swojej władzy i kontrolę nad społeczeństwem.
W pierwszych latach po 1956 roku doszło do pewnego złagodzenia represji wobec Kościoła. Władze PRL podjęły kroki mające na celu odnowienie relacji z Kościołem, co doprowadziło do podpisania konkordatu w 1950 roku. Konkordat zapewniał pewne prawa i swobody Kościołowi katolickiemu w Polsce, takie jak prawo do nauczania religii w szkołach i wolność w organizowaniu życia religijnego.
Jednak mimo pewnego złagodzenia, władze PRL nadal dążyły do kontroli nad Kościołem. Dochodziło do ingerencji w wewnętrzne sprawy Kościoła, takie jak mianowanie biskupów przez państwo. Ponadto władze nadal ograniczały wolność religijną i działalność Kościoła poprzez cenzurę, inwigilację i represje wobec duchownych i wiernych.