Pałac został odkryty w 1877 lub 1878 roku przez greckiego antykwariusza Minosa Kalokairinosa. Ze względu na turecką okupację wysypy nie mógł on się podjąć pełnych wykopalisk, gdyż bał się, że Turkowie zrabują wszystkie wykopane skarby. Przeprowadził on jedynie wstępne badania, które starannie opisywał, niestety wszelkie jego zapiski spłonęły w 1898 r. podczas powstania kreteńskiego.
W latach osiemdziesiątych XIX w. zakupem terenu pod wykopaliska zainteresowany był Heinrich Schliemann, do transakcji jednak nie doszło. Właściwe wykopaliska rozpoczął Arthur Evans w 1899 r. których pierwsza faza trwała do 1905. W wyniku zniszczeń, jakie poczyniła zima 1901 roku, Evans zdecydował się rozpocząć rekonstrukcję pałacu, aby zapobiec jego zniszczeniu po odkopaniu. Rekonstrukcją zajął się młody architekt Theodore Fyfe wynajęty przez Evansa. Starał on się używać jedynie materiałów, którymi posługiwali się ludzie w II tysiącleciu p.n.e., poskutkowało to dużą wiernością odbudowanych elementów, ale także ich brakiem trwałości. Z tego powodu zadanie to przejął w 1905 Christian Doll. Nadal starał się on jak najmniej ingerować w wygląd pałacu, zaczął jednak stosować do odbudowy nowoczesne materiały takie jak beton.
Najdłuższa faza rekonstrukcji pałacu rozpoczęła się w 1922, a zakończyła 1952. Przewodniczył jej Piet De Jong, który uzyskał od Evansa zgodę na metody mocno ingerujące w oryginalny pałac. Stosował on chociażby wzmacniany beton ze względu na jego taniość oraz szybkość w użyciu, a w rekonstrukcji nie opierał się jedynie na okrytych fragmentach pałacu, ale i dobudowywał swoje elementy. To właśnie on, wraz z Evansem dokonali odmalowania słynnej sali tronowej, co również jedynie połowicznie poparte było materiałem archeologicznym.
Takie drastyczne zmiany w podejściu do rekonstrukcji były rezultatem zaniedbania obszaru wykopalisk podczas pierwszej wojny światowej oraz chęci Evansa, aby odkryty obszar był jak najbardziej atrakcyjny dla przyszłych turystów. Z tego powodu znaczna część tego, co możemy współcześnie zobaczyć podczas zwiedzania w pałacu w Knossos, jest tak naprawdę rezultatem prac Pieta De Jong.
Początkowo, zaraz po odkryciu, nie było możliwości przeprowadzania dokładnych wykopalisk pałacu z powodu okupacji tureckiej. Kiedy wykopaliska się w reszcie rozpoczęły, okazało się, że przez trudne warunki zimą, wykopane elementy mogą zostać uszkodzone, dlatego też przeprowadzono szeroko zakrojoną rekonstrukcję pałacu.