Struktura organizacyjna Polskiego Państwa Podziemnego składa się z:
· pionu wojskowego,
· pionu cywilnego,
· pionu politycznego.
Pionem politycznym jest rząd na uchodźctwie w Londynie razem z prezydentem i Naczelnym Wodzem, który sprawuje władzę na pionem wojskowym – Armią Krajową i Kierownictwem Walki Podziemnej. Pionem cywilnym nadzoruje prezydent, premier, a także Delegat Rządu RP na Kraj, pod którym znajduje się Polska Administracja Podziemna, departamenty i komitety.