Rośliny lądowe oraz morskie wykorzystują dwutlenek węgla i zużywają go w procesie fotosyntezy. Następnie pewna jego część wraca do atmosfery w wyniku oddychania organizmów. Węgiel zgromadzony w roślinach stanowi pokarm dla innych organizmów.
Naturalny i prawidłowy obieg węgla w ekosystemie zaburzany jest przez działalność człowieka, gdyż do atmosfery trafiają za duże ilości dwutlenku węgla i tlenku węgla.