Najważniejsze dokonania Komisji Edukacji Narodowej to reforma szkolnictwa zarówno na poziomie struktury, jak i programów. W ramach reformy:
· na Uniwersytetach w Wilnie i Krakowie wprowadza się język polski jako wykładowy, obok obecnej łaciny,
· tworzy się nowe podręczniki,
· powstaje Szkoła Rycerska.
KEN słusznie nazywamy pierwszym ministerstwem oświaty i nauki, ponieważ jego rolą było czuwanie nad programem treści nauczania, ale również strukturą systemu edukacji.
Szkoła Rycerska umożliwia naukę młodzieży szlacheckiej z uboższych rodzin. Szkołom Głównym przyporządkowuje się szkoły średnie. W szkołach podwydziałowych i wydziałowych ogranicza się nauczanie łaciny oraz retoryki na korzyść nauk przyrodniczych. Jako przedmiot pojawia się „nauka moralna”. Szkoły parafialne również otrzymują nowe podręczniki i programy. Widać obecność idei oświeceniowych i kult rozumu zarówno we wdrażanym programie, jak i samej strukturyzacji edukacji.