Stosowanie dużych ilości glifosatu może stanowić zagrożenie dla różnorodności biologicznej, ponieważ jest to herbicyd o szerokim spektrum działania, który niszczy nie tylko chwasty, ale także wiele innych gatunków roślin. Prowadzi to do zubożenia flory na danym obszarze, a w konsekwencji do ograniczenia bazy pokarmowej i siedlisk dla zwierząt, zwłaszcza owadów zapylających, ptaków i drobnych ssaków.
Ponadto glifosat może wpływać na mikroorganizmy glebowe, zaburzając obieg materii i funkcjonowanie ekosystemów. W efekcie zmniejsza się liczba gatunków i ich liczebność, co prowadzi do spadku różnorodności biologicznej.