Kozacy, posiadający odrębną tożsamość, kulturę i samoorganizację nie byli reprezentowani wśród władz Rzeczypospolitej. Ponadto, nie byli w pełni poddani jurysdykcji państwa – organizowali samodzielne wyprawy m.in. na Turcję, powodując napięcie w relacjach międzynarodowych. Władze polskie nieumiejętnie prowadziły niekonsekwentną politykę wobec Kozaków, potęgując problem.
Wprowadzony rejestr kozacki nie okazał się rozwiązaniem problemu, ze względu na zmianę jego liczebności w zależności od zapotrzebowań politycznych.