Konfederacja warszawska ustanawiała tolerancję religijną i poszanowanie innych wyznań, a także ustanawiała pokój wobec innowierców.
Postępowanie wobec innowierców podczas potopu szwedzkiego kłóciło się ze szczytnymi ideami konfederacji warszawskiej – w XVII i XVIII w. Tolerancyjna Rzeczpospolita miała jednak wstydliwe okresy prześladowań wobec przedstawicieli innych religii.