Układ wodny, czyli ambulakralny, jest systemem kanałów wypełnionych płynem i połączonych z nóżkami ambulakralnymi.
Uczestniczy m.in. w:
· poruszaniu się,
· przytwierdzaniu do podłoża,
· zdobywaniu pokarmu,
· wymianie gazowej,
· odbieraniu bodźców.
Zmiany ciśnienia płynu w układzie ambulakralnym powodują wysuwanie i cofanie nóżek ambulakralnych. Dzięki temu szkarłupnie mogą przemieszczać się i wykonywać inne czynności bez typowych kończyn.