Zygmunt III Waza prowadził politykę sprzeczną z wielowiekową tradycją współistnienia wielu religii i tolerancji, dążył do stworzenia państwa jednolitego wyznaniowo. Pomijał wyznawców innych religii niż katolicka w nadawaniu urzędów senatorskich. W wyniku jego działań wiele rodów protestanckich wymarło, a część możnych przeszło na katolicyzm, ich rola w państwie się zmniejszyła. Częstym zjawiskiem były tumulty. Jedynym krokiem króla w kierunku innowierców było uchwalenie w 1621 r. konstytucji, która chroniła wszystkich, w tym ludność innych wyznań, przed napadami pod pozorem obrony wiary. Władca chciał w ten sposób kupić poparcie podczas elekcji swojego syna Władysława. Władysław IV Waza, pomimo nieoficjalnego uznania hierarchii prawosławnej, uchwalenia konstytucji Religia grecka oraz zwiększenia liczby niekatolickich senatorów w senacie, stosował mniej tolerancyjną politykę wyznaniową. Podczas jego rządów nie sprzeciwiał się działaniom przeciwko innowiercom, zamknięto szkołę i drukarnię ariańską, likwidowano zbory, rosły przypadki tumultów.
Władysław IV, syn Zygmunta III Wazy i Anny Habsburżanki, w latach 1632–48 był królem polskim oraz tytularnym królem szwedzkim. W okresie swojego panowania w 1634 r. zawarł wieczysty pokój z Rosjanami, zrzekając się jednocześnie Kremla oraz ze Szwedami w 1635 r. w Sztumskiej Wsi. Również w tym czasie w kraju wybuchł największy konflikt z Kozakami – powstanie Chmielnickiego.