Gdy kubański komunista Fidel Castro przejął władze na wyspie, nawiązał bliższe relacje z blokiem wschodnim. Te wydarzenia spotkały się z zaniepokojeniem USA, co doprowadziło do przeszkolenia i uzbrojenia przez CIA paru tysięcy kubańskich emigrantów, którzy w 1961 r. przeprowadzili inwazję na Zatoce Świń. Jednak akcje okazały się porażką Amerykanów, którzy nie wsparli ich lotnictwem przez brak decyzji w tej sprawie nowego prezydenta Kennedy’ego, co jeszcze bardziej zbliżyło Castro z ZSRR.
Rosnąca siła USA, którą uwidoczniało rozmieszczenie pocisków średniego zasięgu z głowicami atomowymi na terenie Europy, została odebrana przez Chruszczowa jako znak o przyszłym ataku USA. W odpowiedzi na te wydarzenia przywódca ZSRR wraz z Castro stworzył na Kubie sowieckie bazy z wyrzutniami rakiet, które po wystrzeleniu dotarłby w najważniejsze lokalizacje w USA. 22 października 1962 r. Kennedy ogłosił blokadę morską na kubańskie radzieckie statki przewożące wojsko i broń. Napięcia na świecie gwałtownie wzrosły. Obie strony były gotowe do konfrontacji zbrojnej, a świat znalazł się na krawędzi wojny nuklearnej.
Jednak broń nuklearna na Kubie okazała się niegotowa i nie tak potężna, jak zakładano, z kolei Chruszczow, widząc zaangażowanie prezydenta USA, zawrócił okręty płynące na wyspę i usunął tamtejsze wyrzutnie.
Kennedy pod wpływem decyzji Chruszczowa obiecał usunięcie rakiet z Turcji i zagwarantował bezpieczeństwo Kuby. Wydarzenia te przyczyniły się do wzrostu popularności Kennedy’ego oraz do spadku pozycji Chruszczowa.