Locke opowiadał się za tolerancją religijną, równością wobec prawa, oddzieleniem władzy kościelnej od władzy państwowej oraz respektowaniem wolności sumienia i wyznania. Jego podejście opierało się na zasadzie, że państwo powinno być neutralne wobec różnych wyznań religijnych, a jednostka powinna mieć prawo do swobody wyboru i praktykowania swojej wiary.
Locke opowiadał się za oddzieleniem władzy kościelnej od władzy państwowej. Uważał, że państwo powinno zajmować się sprawami świeckimi, takimi jak utrzymanie porządku publicznego i ochrona praw obywateli, podczas gdy Kościół powinien zajmować się sprawami duchowymi i moralnymi. Przekonywał, że państwo nie powinno ingerować w wewnętrzne sprawy religijne. Nie powinno decydować o dogmatach religijnych ani narzucać obywatelom, jak mają praktykować swoją wiarę. Państwo powinno zachować neutralność wobec różnych wyznań religijnych. Locke uznawał wolność sumienia i wyznania za fundamentalne prawa jednostki. Każda osoba powinna mieć prawo do swobodnego wyboru swoich przekonań religijnych i praktykowania swojej wiary bez przymusu ze strony państwa czy innych jednostek.