Problemy, z jakimi borykali się autorzy Encyklopedii, to m.in. interwencje państwowe oraz kościelna cenzura, która próbowała utrudnić, a nawet uniemożliwić wydanie kolejnych tomów. Ponadto swoje niezadowolenie z faktu wydania dzieła stanowczo wyraził papież Klemens XIII.
