Mitochondrialny DNA tak jak genomy organizmów prokariotycznych nie zawiera intronów, czyli odcinków niekodujących.
Geny kodujące rybosomowy RNA (rRNA) w mitochondrialnym DNA, zawierają informację o cząsteczkach rRNA, które buduje rybosomy, czyli struktury odpowiedzialne za syntezę białek, które mitochondria mogą wykorzystywać do własnych potrzeb.