Charakter zasadowy w argininie i lizynie nadaje dodatkowa grupa aminowa.
Za charakter kwasowy odpowiada grupa karboksylowa. Niektóre aminokwasy posiadają jeszcze inne grupy funkcyjne jak: aminowa, hydroksylowa, tiolowa, amidowa, sulfidowa. Łańcuch boczny w aminokwasie może również stanowić grupa aromatyczna.