Synapsy można rozróżnić na podstawie ich lokalizacji, morfologii i rodzaju używanych przez nie neuroprzekaźników.
1. Lokalizacja: Synapsy mogą być aksodendrytyczne (między aksonem a dendrytem), aksosomatyczne (między aksonem a ciałem komórki) lub aksoaksoniczne (między dwoma aksonami).
2. Morfologia: Synapsy można sklasyfikować na podstawie ich morfologii jako typu I lub II typu. Synapsy typu I często są pobudzające, podczas gdy synapsy typu II są hamujące.
3. Neuroprzekaźniki: Synapsy można klasyfikować na podstawie typu uwalnianego przez nie neuroprzekaźnika. Synapsy pobudzające zwykle uwalniają glutaminian, podczas gdy synapsy hamujące zazwyczaj uwalniają kwas gamma-aminomasłowy (GABA) lub glicynę.
