Trudności ze znalezieniem bliźniaka genetycznego są związane z tym, iż każdy człowiek ma swój własny układ zgodności tkankowej tzw. układ HLA (Human Leukocyte Antigen). Jest to system receptorów i antygenów własnych (autoantygenów), dzięki którym ciało jest w stanie rozpoznać należące do niego komórki jako własne i zareagować w przypadku, gdyby do ciała dostały się obce komórki. Dlatego prawdopodobieństwo znalezienia osoby z identycznym lub bardzo podobnym układem HLA jest bardzo niskie.
Wyjaśnienie:
Układ HLA jest związany z dwoma rodzajami białek tzw. białek zgodności tkankowej typu MHC I i MHC II (Major Histocompatibility Complex I / II). Każda komórka zawiera tego typu białka na swojej powierzchni, dzięki czemu ciało rozpoznaje je jako własne. W przypadku pojawienia się różnic np.: wskutek choroby nowotworowej lub zakażenia komórki takie są eliminowane. Podobnie jest z przeszczepianymi tkankami – układ immunologiczny rozpoznaje je jako obce, stąd stara się je eliminować. Przez to występuje zjawisko odrzutu przeszczepu.