Banki gamet i zarodków to miejsca, gdzie przechowuje się gamety i zarodki, które mogą być wykorzystane w zapłodnieniu in vitro. Kontrowersje związane z ich istnieniem wynikają z czynników religijnych i etycznych, prawnych oraz związanych z bezpieczeństwem danych.
Niektóre grupy religijne uważają, że manipulacja gametami i zarodkami jest niezgodna z zasadami moralnymi. Pod uwagę brana jest np. kwestia posiadania duszy przez zarodek i tego, czy może on dostąpić zbawienia po śmierci.
Istnieje też obawa o prowadzenie praktyk eugenicznych. W różnych krajach prawo dotyczące banków gamet i zarodków różni się, co sprawia trudności w ujednoliceniu praktyk.
Przechowywanie gamet i zarodków w bankach wiąże się z ryzykiem wycieku cennych danych dotyczących materiału genetycznego.