1. Istnieje duże ryzyko przedostania się genetycznie zmodyfikowanych mikroorganizmów do środowiska, gdzie mogą się dzielić w sposób niekontrolowany. Ich wpływ na środowisko jest trudny do przewidzenia.
2. Istnieje ryzyko, że GM mikroorganizmy wejdą w interakcje z innymi i wprowadzone przez człowieka geny zaczną się w niekontrolowany sposób rozprzestrzeniać.
3. Istnieje ryzyko mutacji GM mikroorganizmów, co może prowadzić do powstawania nowych chorób.
Pomimo że wykorzystanie GM mikroorganizmów wiąże się z ryzykiem, to ich użycie jest ściśle kontrolowane i wyżej przedstawione konsekwencje są mało prawdopodobne. Należy je mieć jednak na uwadze.