Aby dokonać hybrydyzacji metodą Southerna, należy wyizolować DNA i ewentualnie poddać je rozdziałowi za pomocą elektroforezy. Następnie DNA należy przenieść na membranę, która utrwala kwas nukleinowy.
W kolejnym kroku przechodzi się do procesu hybrydyzacji. Na membranę wprowadza się sondę DNA, która jest znakowana radioaktywnie lub fluoroscencyjnie.
Sonda DNA to znana sekwencja DNA, która stanowi fragment komplementarny do szukanego fragmentu helisy. Po hybrydyzacji sondy, które związały się z DNA, wykrywa się na błonie radiologicznej lub za pomocą obrazowania fluorescencyjnego.
