Nie można użyć enzymu EcoRV, ponieważ w wyniku jego działania powstają tzw. tępe końce. W przypadku plazmidu przedstawionego na rysunku A widać, że po rozcięciu enzymem restrykcyjnym powstały końce lepkie.
Enzymy restrykcyjne to białka, które rozpoznają określone sekwencje DNA i dokonują podwójnego cięcia w helisie DNA. Naturalnie występują u bakterii.
Tępe końce od lepkich końców różnią się tym, że nie posiadają wystających fragmentów. Lepkie końce mogą łączyć się spontanicznie a do połączenia tępych końców potrzebne są często ligazy.