Polimeraza Pfu jest stabilna w wyższych temperaturach dużo dłużej niż polimeraza Taq. Polimeraza Pfu popełnia około 10 razy mniej błędów niż polimeraza Taq.
Dzięki wykorzystaniu polimerazy DNA Pfu PCR jest dokładniejsze i można uzyskać więcej kopii DNA.