Najczęściej wykorzystywane wektory to:
1. Bakteriofagi
2. Wirusy
3. Plazmidy
Plazmidy to małe, koliste cząsteczki DNA, które występują w bakteriach. Na początku pożądany gen należy wyizolować i wprowadzić do wektora, którym jest plazmid. Następnie bakterie transformuje się plazmidem i prowadzi hodowlę tych bakterii na odpowiednich pożywkach.
Często plazmid zawiera selektywne markery, które umożliwiają przeżycie tylko bakteriom, które go posiadają.
Bakteriofagi to wirusy atakujące bakterie. Są szeroko wykorzystywane w biotechnologii do manipulowania genomami bakterii. Mogą mieć też potencjalne zastosowanie w medycynie – prowadzi się już terapie fagowe, które wykorzystuje się w leczeniu zakażeń lekoopornymi bakteriami.