Między łańcuchami bocznymi fenyloalaniny i cysteiny występują oddziaływania hydrofobowe.
- mostki disiarczkowe – między co najmniej dwiema resztami cysteiny, która posiada grupy tiolowe SH,
- mostki solne – między resztami kwasu asparaginowego i glutaminowego z jednej strony a resztami lizyny, asparaginy i histydyny z drugiej strony,
- wiązania wodorowe – między atomem wodoru i atomem elektroujemnym zawierającym wolne pary elektronowe, np. tlenem lub azotem,
- oddziaływania hydrofobowe – polega na łączeniu się grup hydrofobowych, umożliwiając ochronę przed cząsteczkami wody. Stabilizują strukturę trzeciorzędową i czwartorzędową białek.