Amylopektyna i glikogen mają podobną budowę i to pozwala im na spełnianie podobnych funkcji. Amylopektyna to składnik skrobi. Skrobia gromadzi się na przykład w bulwach i ziarnach roślin. Magazynowana jest w amyloplastach. Skrobia jest w organizmach roślinnych magazynem energetycznym, który zapewnia prawidłowe funkcjonowanie tych organizmów. Zatem amylopektyna, pośrednio, pełni funkcję energetyczną. Dodatkowo buduje ona zewnętrzną warstwę ziarna skrobi i chroni je, ponieważ jest nierozpuszczalna w wodzie zimnej.
Glikogen nazywamy skrobią zwierzęcą. Stanowi on materiał zapasowy w organizmach zwierząt (w tym ludzi) - magazynowany jest w mięśniach i wątrobie. Glikogen uwalniany jest do krwi w czasie wysiłku fizycznego oraz w przerwach między posiłkami. Glikogen zapewnia zatem stałość energetyczną organizmu zwierząt.